Ilex bahiahondica es un árbol endémico de Cuba, considerado como escaso de manera natural. Su valor de área de ocupación y su valor de extensión de presencia lo sitúan bajo el umbral de la categoría EN, según el criterio B. Su población se estructura en solo tres localidades, pero se encuentra severamente fragmentada. Es muy probable que actualmente solo queden menos de 50 individuos maduros de este árbol, pero esta sospecha debe confirmarse. Su hábitat enfrenta amenazas como las plantaciones forestales, fuegos y deforestación, que han reducido su calidad y extensión. Además, estos fenómenos han provocado que la población se encuentre en decline. Se evalúa este árbol como En Peligro Crítico.

Esta especie es un árbol endémico en Cuba occidental, en las provincias, Pinar del Río, Artemisa y Matanzas. Su presencia se extiende por 1.050 km² y ocupa un área de 12 km², de manera más o menos estable. Se estima que su población se encuentra estructurada en tres localidades, definidas por amenazas de intensidad local.

Este taxón resulta raro de manera natural. En las visitas a las localidades solo se han encontrado 1 o 2 plantas de la especie en cada sitio. Dado esto, es muy probable que actualmente solo queden menos de 50 individuos maduros. Se supone que las subpoblaciones sean demasiado pequeñas para ser viables. Dada la distribución de la especie y teniendo en cuenta que es extremadamente escasa en la naturaleza, se considera que la población se encuentra severamente fragmentada. Es poco probable que las diásporas de una localidad alcancen la de otra localidad, a pesar de que dos de ellas están relativamente cerca. Debe tenerse en cuenta que existe muy poca presión de propágulo, lo cual limita en extremo las probabilidades matemáticas de que exista comunicación entre localidades diferentes. Por otra parte la especie y su hábitat se enfrentan a amenazas que permiten sospechar que la población está disminuyendo.

Esta especie presenta porte arbóreo y puede alcanzar 20 m de altura. Las características de sus flores sugieren que su polinización puede ser mediada por insectos (Faegri y van der Pijl 1966). Crece en matorral xeromorfo sobre serpentina, bosque de pinos, complejo de vegetación de mogotes y bosque semideciduo, desde pocos msnm hasta 700 msnm. Su hábitat pierde extensión y calidad debido a incendios, invasiones biológicas, tala y actividad forestal de escala industrial.

Las principales amenazas que enfrenta esta especie de manera natural son las plantaciones forestales, la deforestación y los fuegos. Estos fenómenos impactan de manera negativa en la extensión y calidad del hábitat de Ilex bahiahondica. Además, se sospecha que estos fenómenos han provocado incluso la pérdida de individuos adultos. Por otra parte, las invasiones biológicas constituyen una amenaza para esta especie, que reducen la calidad del hábitat de este taxón.

Esta especie no tiene usos conocidos en Cuba en la actualidad. No se conoce que se encuentre sometida a tráfico o comercio. Se desconoce que desempeñe algún rol en el sustento de las comunidades aledañas a sus sitios de presencia.

Este taxón se encuentra representado en tres áreas protegidas en Cuba. No se conoce que se encuentre representado en colecciones ex situ en jardines botánicos. Tampoco constan acciones específicas de conservación sobre sus individuos. Su hábitat ha sido fuertemente impactado por ciertas amenazas que han llevado a la población al decline. Por esta razón, se sugiere realizar un estudio poblacional a profundidad.