Harpalyce macrocarpa es una especie escasa en la naturaleza, con 75 individuos maduros en 6 localidades. Su valor de área de ocupación y extensión de presencia se encuentran bajo el umbral de la categoría En Peligro, según el criterio B. Su población se encuentra severamente fragmentada y en decline. Amenazas como la deforestación, los incendios, las plantaciones forestales, entre otras, causan disminución en la extensión y calidad del hábitat. Cada una de sus subpoblaciones presenta menos de 50 individuos maduros. Se evalúa este taxón como CR C2a(i).

Esta especie es un arbolito endémico de Cuba, con distribución restringida a las serpentinas asociadas a cursos de agua del centro de Cuba, específicamente en Villa Clara y Sancti Spíritus. Su presencia se extiende por 662 km² y ocupa un área de 24 km². Se sospecha que su área de ocupación ha disminuido como consecuencia de tala, pues su madera ha sido muy apreciada en construcciones rurales. Se estima que su población se encuentra estructurada en siete localidades, definidas por amenazas de intensidad local.

La población global de Harpalyce macrocarpa cuenta con 75 individuos adultos, con menos de 25 individuos en cada subpoblación. Se sospecha que en el pasado la especie fue más abundante, pues en San felipe, por ejemplo, este arbolito fue talado para emplear su madera en construcciones rurales. La polinización efectiva de esta especie ocurre mediada por Xylocopa cubaecola (obs. pers.), especie de abejorro territorial y escasa. La dispersión es autócora y de manera secundaria hidrócora. Esto permite inferir que la población se encuentra severamente fragmentada, pues el intercambio entre las distintas localidades se considera prácticamente inexistente. También debe tenerse en cuenta que la matriz de hábitat que rodea a las localidades donde habita la especie se encuentran muy alterados y degradados, lo que limita la probabilidad de recolonización de la especie, en caso de pérdida de alguno de los sitios. Su población se encuentra en decadencia, pues existen evidencias de que los individuos adultos han sido talados y en algunas localidades se han quemado.

Esta especie puede llegar a ser un arbolito de 4 m de altura (León y Alain 1951). Presenta flores grandes agrupadas en racimos con 5-7 flores (González-Torres et al. 2013). En esta especie es común encontrar tres morfos de color floral: rojo intenso, naranja o amarillo (Franco et al. 2011). Estas características sugieren polinización por aves (Faegri y van der Pijl 1966) aunque se ha observado una amplia variedad de visitantes florales, incluyendo mariposas, abejas, avispas y hormigas. Habita en bosques de galería sobre serpentinas, con abundancia de hojarasca y sol filtrado. Su hábitat ha perdido calidad y extensión debido a deforestación, plantaciones forestales, construcción de embalses, tala, ganadería, agricultura, sequía e invasiones biológicas.

Las principales amenazas que enfrenta esta especie en la naturaleza son los incendios, la deforestación y las plantaciones forestales. Estos fenómenos impactan de manera negativa en la calidad y extensión del hábitat de la especie. Además, unido al uso intencional de este árbol, las amenazas anteriormente mencionadas también son causa de la disminución del número de individuos maduros. Por otra parte, las invasiones biológicas, la agricultura, la ganadería, la sequía y la cantería también constituyen amenazas que reducen la calidad y extensión del hábitat de Harpalyce macrocarpa.

Esta especie fue muy utilizada en la carpintería rural y aún en la actualidad se pueden observar los tallos utilizados como postes de cerca, peldaños de escaleras y horcones de viviendas. Es una especie con bellas flores que puede ser utilizada como especie ornamental. La amplia producción de néctar de sus flores hace de esta especie un taxón con alto potencial melífero. No desempeña ningún rol en el sustento de las comunidades aledañas a sus sitios de presencia ni se encuentra sometida a tráfico. Es una especie protegida por la resolución 160/2011 por considerarse un taxón de especial significación.

Esta especie se encuentra protegida en una Reserva Florística Manejada, con el 31% de los individuos adultos bajo esta protección. Además, se encuentra representada en colecciones ex situ del Jardín Botánico Nacional y Jardín Botánico de Villa Clara. Su conservación se ha visto beneficiada por esfuerzos de especialistas de la Reserva Florística Manejada Sabanas de Santa Clara, los cuales han liderado la conservación de esta especie por años. Además, Franco et al. (2011) proponen acciones de conservación de esta especie. Por otra parte, profesores de la Universidad Central Marta Abreu de Las Villas, junto a estudiantes y voluntarios de la iniciativa Planta! estudian detalles de su fenología, polinización, dispersión y germinación, desde 2014. Se han realizado varios esfuerzos de reforzamiento poblacional en las localidades Revacadero y San Felipe. Se ha involucrado en estos esfuerzos a pobladores locales, los que actualmente mantienen y enriquecen un vivero para reforzar las poblaciones y recuperar la faja hidroreguladora de los arroyos locales. Estas acciones forman parte del plan de recuperación de la especie, que se encuentra en ejecución. En 2016 fue evaluada esta especie como CR C2a(i).